Pie in the Sky commence à la veille du 3000e tournoi de récolte, où des histoires racontent des animaux anciens de Pomme s'aventurant dans des contrées lointaines pour établir leurs propres royaumes. Pour ce faire, les fondateurs de Pomme ont travaillé ensemble pour construire le légendaire dirigeable Kai, l’imprégnant des meilleures connaissances des neuf espèces animales. Partageant les pouvoirs et la vitesse du navire, chaque royaume a établi ses fondations. Mais un an, le dirigeable et ses passagers Fox et Owl ont voyagé dans les lointaines frontières et n'ont plus jamais été revus ou entendus… jusqu'à maintenant.
Alors que les animaux se rassemblent pour le tournoi marquant, le légendaire dirigeable perdu émerge de l'horizon, transportant des chercheurs des royaumes Fox et Owl. Comme si ces retrouvailles n'étaient pas une raison suffisante pour célébrer, les chercheurs de Pomme se rendent compte que le dirigeable Kai répond toujours à chaque espèce animale. Le décor est planté pour le plus grand tournoi de récolte de 3000 ans!